Prima echipă de fotbal a orașului Târgu Jiu a fost Gorjul Târgu Jiu care a participat în sezonul 1946-1947 al Diviziei C. În paralel exista și formația Flacăra Târgu Jiu care a evoluat la finalul anilor 1950 tot în Divizia C. Poate această stare de fapt ar mai fi continuat mult și bine dacă nu s-ar fi ivit un grup de tineri entuziaști, dornici ca prin fotbal să scoată orașul din anonimat. Unul dintre ei era Constantin Geolgău, antrenorul, impiegat de mișcare la Gara CFR Târgu Jiu, care jucase fotbal de performanță la cunoscutele divizionare Vagonul Arad și Astra Arad, jucătorii erau proaspăt absolvenți de facultate, cu reale calități de profesioniști în meseria lor. Printre ei s-au aflat Sașa Ciubotenco, Sandu Vilău, Mitică Condescu, Mișu Vâlceanu, Bodola, Cornel Pacoste – viitorul prim-viceprim-ministru al României, Lucaci, Nelu Sandu, D. Rustoiu, Mișu Blaj, N. Boboc, Constantin Cernăianu – marele antrenor al Universității Craiova de mai apoi și al echipei naționale sau Grigore Șerbănescu, binecunoscutul doctor «Griguț» de mai târziu al gorjenilor.
În sezonul 2005-2006, Pandurii Târgu Jiu a promovat din nou în prima ligă de fotbal din România și deși în primul sezon a ocupat penultimul loc, poziție retrogradabilă, echipa a fost salvată de o decizie a Federației Române de Fotbal care a retrogradat pe Sportul Studențesc din cauza problemelor financiare. În următoarea stagiune, Pandurii au făcut un salt calitativ, evitând retrogradarea și încheind pe poziția a 11-a, după ce la jumătatea competiției s-au clasat și pe locul opt.
Sezonul 2007-2008 a adus noi emoții la Târgu Jiu în ceea ce privește evitarea retrogradării. Aducerea ca antrenor a portughezului Joaquim Teixeira, alături de o serie de jucători din Portugalia și Spania, nu a avut rezultatul scontat și echipa a ajuns pe ultimul loc în clasament. Teixeira a fost înlocuit cu Eugen Neagoe care a reușit salvarea echipei, Pandurii încheind pe locul 12. La finalul sezonului 2009-2010, echipa gorjeană a ocupat din nou o poziție retrogradabilă, dar a rămas în Liga I după ce formația Internațional Curtea de Argeș a decis să se retragă din competiție din cauza problemelor financiare.
